Gold für Dresdener Bioinformatiker

Auf der Fachkonferenz für Bioinformatik und Textanalyse in Madrid wurden die neuesten Lösungsansätze für Suchtechnologien in den Biowissenschaften im direkten Wettbewerb miteinander verglichen. Dabei hat die Bioinformatik-Gruppe der TU Dresden in der Disziplin ‚Genidentifikation’ eine Goldmedaille geholt.

Was haben Ken, Barbie, Superman, Groucho und Ariadne gemeinsam? Es handelt sich bei allen um Namen von Genen, denen gemeinsam ist, dass sie oft unter mehreren Namen bekannt sind. Gen-Namen und deren Interaktionen in Texten automatisch zu identifizieren, ist eine ernste Herausforderung für Wissenschaftler und die pharmazeutische Industrie.

Einige Gene, wie Ariadne oder Barbie, haben mehrere Namen, und andere Namen von Genen bezeichnen unterschiedliche Gene. Alles in allem ein begrifflicher Dschungel. Das Problem multipliziert sich dadurch, dass täglich über 2.000 neue wissenschaftliche Artikel in der Biomedizin erscheinen. Hinzu kommt, dass moderne experimentelle Methoden die Analyse von Tausenden von Genen automatisch bewerkstelligen, die Resultate aber per Hand ausgewertet werden müssen. Jörg Heinrich, Leiter der Forschungsabteilung der Dresdener Resprotect GmbH, rechnet vor, dass es zwischen 1.000 interessanten Genen theoretisch Millionen von Beziehungen geben kann.

Dass die gewonnene Medaille der Arbeitsgruppe Schroeder von der TU Dresden tatsächlich golden ist, bestätigt Dr. Michael R. Alvers, CEO der Transinsight GmbH (BioInnovationsZentrum Dresden): „Im Rahmen unserer Kollaboration mit Schroeders Arbeitsgruppe und der TU Dresden optimieren wir den Technologietransfer solcher wissenschaftlicher Resultate in unserem Produkt GoPubMed, der ersten wissensbasierten Suchmaschine weltweit. Unsere Kunden und Partner wie Unilever und Elsevier warten schon gespannt auf die nächste Version unserer Suchmaschine. Proteinnamen und deren Beziehungen zu finden ist in der pharmazeutischen Industrie ein heißes Thema.“ (dsc)

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